بنیان حقوق بشر بر «حق حیات»، «حق مالکیت» و «کرامت ذاتی انسان» استوار است

وی با اشاره به این‌که در تحلیل جنگ‌ها معمولاً ابعاد سیاسی و نظامی برجسته می‌شود اما نگاه حقوق بشری کمتر دیده می‌شود، گفت روایت‌های سیاسی از مسایل حقوق بشری به بی‌اعتباری این مفهوم در افکار عمومی انجامیده است. به گفتهٔ او، بنیان حقوق بشر بر «حق حیات»، «حق مالکیت» و «کرامت ذاتی انسان» استوار است و حقوقی مانند آزادی بیان، دادرسی عادلانه، دسترسی به وکیل و حق مسکن در عمل تضمین‌کننده همین حقوق بنیادین‌اند.
 این منتقد صاحب‌نظر با اشاره به پیوند میان حقوق بشر و صلح، میان «صلح منفی» و «صلح مثبت» به‌عنوان پروژه‌ای بلندمدت برای رفع ریشه‌های جنگ تفکیک کرد و گفت تحقق صلح پایدار در گرو فرهنگ صلح، عدالت اجتماعی و تقویت نهادهای دموکراتیک است.
 وی همچنین بر تفاوت میان کنشگری سیاسی و کنشگری حقوق بشری تأکید کرد و گفت فعال حقوق بشر باید از رادیکال‌سازی فضا پرهیز کند، زیرا چنین فضایی پیش از هر چیز به خودِ حقوق بشر آسیب می‌زند و می‌تواند به خشونت و جنگ بینجامد.
 این پژوهشگر برجسته با اشاره به تجربهٔ دههٔ ۶۰ و شرایط جنگی، هشدار داد که فضای امنیتی می‌تواند قانون‌گرایی، دادرسی عادلانه و حقوق متهمان را به حاشیه ببرد و برخی رویه‌های خطرناک را در ساختارها نهادینه کند؛ در حالی‌که دستاوردهای حقوق بشری حاصل دهه‌ها تلاش است و در بحران‌ها به‌سرعت آسیب می‌بیند.
 باقی با انتقاد از برخی قوانین و احکام اخیر، از جمله استفاده گسترده از عناوینی مانند «افساد فی‌الارض» و تشدید مجازات‌ها، تأکید کرد که حتی در شرایط جنگی نیز حق دادرسی عادلانه قابل تعلیق نیست و استفاده موسع از این عناوین می‌تواند به صدور احکام بسیار سنگین، از جمله اعدام، بینجامد.
 این نویسنده و روزنامه‌نگار برجسته همچنین نسبت به مصادره‌های گسترده و احتمال خطا در احکام کیفری هشدار داد و بر اصل «احتیاط در مجازات‌های سنگین» و شخصی بودن جرم و مجازات تأکید کرد.
 باقی در جمع‌بندی سخنان گفت: چالش‌های حقوق بشری می‌توانند خود زمینه‌ساز جنگ شوند و جنگ نیز نقض حقوق بشر را تشدید می‌کند. به گفتهٔ او، اگر به پیوند میان حقوق بشر، انسجام داخلی و امنیت ملی توجه نشود، این چرخه می‌تواند بحران‌ها را عمیق‌تر کند. وی تأکید کرد نوع نگاه زمامداران این‌که خود را مدیر یک حکومت بدانند یا مسئول یک «سازمان چریکی» در مسیر آیندهٔ کشور نقشی تعیین‌کننده دارد.